2009年6月財政部、國家稅務總局發(fā)布了《關(guān)于補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）。該通知規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關(guān)規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，在不超過職工工資總額5％標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。

由于有了企業(yè)所得稅扣除優(yōu)惠，企業(yè)為職工辦理2008年1月1日以來的補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險的積極性大增。由于繳納補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險人數(shù)增加，其涉及的個人所得稅問題頗受關(guān)注。

《財政部、國家稅務總局關(guān)于基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、住房公積金有關(guān)個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，免征個人所得稅；個人按照國家或省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除。企事業(yè)單位和個人超過規(guī)定的比例和標準繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，應將超過部分并人個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。

根據(jù)上述文件規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或省級人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費和住房公積金，免征個人所得稅。在該文件的免稅項目中，不包括補充醫(yī)療保險，所以，企業(yè)為職工支付的補充醫(yī)療保險應當征收個人所得稅。

企業(yè)為職工個人購買商業(yè)性補充養(yǎng)老保險等，在辦理投保手續(xù)時應作為個人所得稅的工資、薪金所得項目，按稅法規(guī)定繳納個人所得稅。個人所得稅的具體納稅時間應當按照．《國家稅務總局關(guān)于單位為員工支付有關(guān)保險繳納個人所得稅問題的批復》（國稅函[2005]318號）規(guī)定，對企業(yè)為員工支付各項免稅之外的保險金，應當在企業(yè)向保險公司繳付時并人員工當期的工資收入，按工資、薪金所得項目計征個人所得稅，稅款由企業(yè)負責代扣代繳。

根據(jù)財稅[2006]10號文件的規(guī)定；企業(yè)為職工支付的補充醫(yī)療保險金不屬于免稅項目，應當征收個人所得稅。根據(jù)目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責補充醫(yī)療基金的管理，通常做法是企業(yè)委托商業(yè)!陛保險公司代為管理或由企業(yè)自行管理。如果企業(yè)將補充醫(yī)療保險委托商業(yè)性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。

企業(yè)自行管理模式比較有代表性的是北京市的補充醫(yī)療保險費。《北京市基本醫(yī)療保險規(guī)定》規(guī)定，企業(yè)補充醫(yī)療保險費在本企業(yè)職工工資總額4％以內(nèi)的部分，列入成本，準予稅前扣除。補充醫(yī)療保險費用于支付職工和退休人員在定點醫(yī)療機構(gòu)和定點零售藥店發(fā)生的費用，包括個人賬戶不足支付的醫(yī)療費用、基本醫(yī)療保險統(tǒng)籌基金支付之余應由個人支付的醫(yī)療費用以及大額醫(yī)療費用互助資金支付之余應由個人支付的醫(yī)療費用?！侗本┦衅髽I(yè)補充醫(yī)療保險暫行辦法》（京勞社醫(yī)發(fā)[2001]16號）規(guī)定，補充醫(yī)療保險由企業(yè)管理。企業(yè)補充醫(yī)療保險費當年結(jié)余部分，結(jié)轉(zhuǎn)下一年度使用。由于企業(yè)計提補充醫(yī)療保險時并沒有落人個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫(yī)療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。