2009年6月財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局發(fā)布了《關(guān)于補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)有關(guān)企業(yè)所得稅政策問(wèn)題的通知》（財(cái)稅[2009]27號(hào)）。該通知規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國(guó)家有關(guān)規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)，在不超過(guò)職工工資總額5％標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)的部分，在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)準(zhǔn)予扣除。

由于有了企業(yè)所得稅扣除優(yōu)惠，企業(yè)為職工辦理2008年1月1日以來(lái)的補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)和補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)的積極性大增。由于繳納補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)和補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)人數(shù)增加，其涉及的個(gè)人所得稅問(wèn)題頗受關(guān)注。

《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)、失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)、住房公積金有關(guān)個(gè)人所得稅政策的通知》（財(cái)稅[2006]10號(hào)）規(guī)定，企事業(yè)單位按照國(guó)家或省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定的繳費(fèi)比例或辦法實(shí)際繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，免征個(gè)人所得稅；個(gè)人按照國(guó)家或省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定的繳費(fèi)比例或辦法實(shí)際繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，允許在個(gè)人應(yīng)納稅所得額中扣除。企事業(yè)單位和個(gè)人超過(guò)規(guī)定的比例和標(biāo)準(zhǔn)繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)和失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)，應(yīng)將超過(guò)部分并人個(gè)人當(dāng)期的工資、薪金收入，計(jì)征個(gè)人所得稅。

根據(jù)上述文件規(guī)定，企事業(yè)單位按照國(guó)家或省級(jí)人民政府規(guī)定的繳費(fèi)比例或辦法實(shí)際繳付的基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)、失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)和住房公積金，免征個(gè)人所得稅。在該文件的免稅項(xiàng)目中，不包括補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)，所以，企業(yè)為職工支付的補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)應(yīng)當(dāng)征收個(gè)人所得稅。

企業(yè)為職工個(gè)人購(gòu)買(mǎi)商業(yè)性補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)等，在辦理投保手續(xù)時(shí)應(yīng)作為個(gè)人所得稅的工資、薪金所得項(xiàng)目，按稅法規(guī)定繳納個(gè)人所得稅。個(gè)人所得稅的具體納稅時(shí)間應(yīng)當(dāng)按照．《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于單位為員工支付有關(guān)保險(xiǎn)繳納個(gè)人所得稅問(wèn)題的批復(fù)》（國(guó)稅函[2005]318號(hào)）規(guī)定，對(duì)企業(yè)為員工支付各項(xiàng)免稅之外的保險(xiǎn)金，應(yīng)當(dāng)在企業(yè)向保險(xiǎn)公司繳付時(shí)并人員工當(dāng)期的工資收入，按工資、薪金所得項(xiàng)目計(jì)征個(gè)人所得稅，稅款由企業(yè)負(fù)責(zé)代扣代繳。

根據(jù)財(cái)稅[2006]10號(hào)文件的規(guī)定；企業(yè)為職工支付的補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)金不屬于免稅項(xiàng)目，應(yīng)當(dāng)征收個(gè)人所得稅。根據(jù)目前的普遍做法，各地社會(huì)保險(xiǎn)基金管理中心并不負(fù)責(zé)補(bǔ)充醫(yī)療基金的管理，通常做法是企業(yè)委托商業(yè)!陛保險(xiǎn)公司代為管理或由企業(yè)自行管理。如果企業(yè)將補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)委托商業(yè)性保險(xiǎn)公司管理，則應(yīng)當(dāng)在保險(xiǎn)公司落到被保險(xiǎn)人的保險(xiǎn)賬戶(hù)時(shí)代扣代繳個(gè)人所得稅。

企業(yè)自行管理模式比較有代表性的是北京市的補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)。《北京市基本醫(yī)療保險(xiǎn)規(guī)定》規(guī)定，企業(yè)補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)在本企業(yè)職工工資總額4％以?xún)?nèi)的部分，列入成本，準(zhǔn)予稅前扣除。補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)用于支付職工和退休人員在定點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)和定點(diǎn)零售藥店發(fā)生的費(fèi)用，包括個(gè)人賬戶(hù)不足支付的醫(yī)療費(fèi)用、基本醫(yī)療保險(xiǎn)統(tǒng)籌基金支付之余應(yīng)由個(gè)人支付的醫(yī)療費(fèi)用以及大額醫(yī)療費(fèi)用互助資金支付之余應(yīng)由個(gè)人支付的醫(yī)療費(fèi)用?！侗本┦衅髽I(yè)補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)暫行辦法》（京勞社醫(yī)發(fā)[2001]16號(hào)）規(guī)定，補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)由企業(yè)管理。企業(yè)補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)當(dāng)年結(jié)余部分，結(jié)轉(zhuǎn)下一年度使用。由于企業(yè)計(jì)提補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)時(shí)并沒(méi)有落人個(gè)人賬戶(hù)，而且以后每位職工報(bào)銷(xiāo)的醫(yī)療費(fèi)用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個(gè)人所得稅。