少兒醫保的報銷比例是家長比較關注的問題之一，根據不同地方的基本情況不同少兒醫保的保險比例也略有調整，少兒醫保的報銷比例也是政府對少兒保護的一種意識體現。
少兒醫保參保人每人每年籌資標準100元，其中個人只需要繳費50元，政府補助50元。對享受低保待遇、特困救助待遇、優撫待遇、重度殘疾的學生兒童，以及享受國家助學貸款的大中專院校學生各類群體，個人不繳費，由政府全額補助。
少兒醫保申報繳費的時間為每年9月到12月份。待遇享受期按照學生、兒童的實際情況予以區分，一是入學入托的學生、兒童，待遇享受期是參保繳費當年的9月份至繳費次年的8月份。二是沒有入學、入托的兒童，待遇享受期是參保繳費次年的1月份至12月份。新生兒隨出生、隨參保、隨享受。
少兒醫保參保后，可以享受住院、門急診、門診特殊病和意外傷害附加保險四種待遇。
一是住院醫療保險待遇。在一個年度內發生的18萬元以下的住院醫療費，一級醫院(社區衛生服務中心)不設起付線，報銷65%;二級醫院起付線為300元，報銷60%;三級醫院起付線500元，報銷55%。
二是門診特殊病報銷待遇。門診特殊病在一個年度內起付線為300元，最高支付限額和報銷比例按照住院報銷標準執行。特殊門診病種包括：腎透析、腎移植術后抗排異、癌癥的放療化療和鎮痛治療、糖尿病、肺心病、紅斑狼瘡、偏癱、精神病、血友病、肝移植術后抗排異、癲癇、再生障礙性貧血、慢性血小板減少性紫癜。
三是門急診報銷待遇。在一個年度內，城鄉居民在一級醫院(含社區衛生服務中心)就醫發生的門急診醫療費用，起付線為800元，最高支付限額為3000元，補助30%。
四是學生意外傷害附加保險待遇。在城鄉居民基本醫療保險的基礎上，建立統一的學生兒童意外傷害附加保險，解決學生兒童因意外傷害發生的醫療費用補償和傷殘、死亡補助問題。
在參保組織方式上，對在校、在園的學生兒童，以學校、托幼機構為單位參保，學校、托幼機構在所在區縣社保分中心統一辦理參保手續，市學生醫保服務中心協助辦理。對城鎮沒有入學、入托的兒童，隨家庭到戶籍所在地或者經常居住地所在街鎮勞動保障服務中心及其社區工作站辦理參保手續。對農村沒有入學、入托的兒童，以行政村為單位，統一組織參保。
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