城鎮居民基本醫療保險的差異主要體現在四個方面：一是參保人口范圍不同。城鎮職工基本醫療保險的范圍包括城鎮所有用人單位、職工和離退休人員。城鎮居民基本醫療保險的覆蓋范圍包括非就業城鎮居民、彈性職工、農民工、未納入城鎮職工基本醫療保險制度覆蓋范圍的學生和兒童，以及尚未參加城鎮職工基本醫療保險的困難企業職工。城鎮職工基本醫療保險。在人口覆蓋率方面，這兩個系統是互補的。
二是不同的籌資方式。
城鎮職工基本醫療保險由用人單位和職工共同繳納。城鎮居民基本醫療保險的資金籌措主要由個人（家庭）支付，財政補貼為輔。目前，我省的城鎮職工基本醫療保險的籌資水平高于城鎮居民基本醫療保險的籌資水平。
三是享受的待遇不同。
城鎮職工基本醫療保險可以享受到基本醫療保險、公務員醫療補助保險、大額醫療費用補助等，城鎮居民基本醫療保險可以享受到居民基本醫療保險和個人負擔補助。從參保人員享受的醫療待遇上講，前者要優越于后者。
四是繳費要求不同。
城鎮職工醫療保險規定最低繳費期限，達到繳費期限（男25年，女20年），退休后可以不繳費享受基本醫療保險待遇；城鎮居民醫療保險未規定最低繳費期限的，必須繳納養老保險費。每年不支付費用，他們將不享受治療。
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